公司户车牌在车辆报废后更新指标的处理流程如下：
登录系统：首先，需要登录“北京市小客车指标调控管理信息系统”
填报申请：在系统中找到“更新指标”功能区，点击“填报申请”，按照系统提示逐步操作，如实填报相关信息
核对信息：提交申请后，指标管理机构会根据公安机关交通管理部门提供的出售、报废小客车转移、注销登记信息，核对单位申请信息
审核通过：审核通过后，指标管理机构会在指定网站发布小客车更新指标确认通知书
查询打印更新指标：单位可以在系统登录后进入用户中心，在更新指标功能区查看“我的指标”，下载或打印《单位小客车更新指标确认通知书》
办理时限：单位应当在车辆办理完成转移、注销登记后，根据需要随时提交更新指标申请，不再设置12个月的申请时限
指标有效期：《单位小客车更新指标确认通知书》的有效期为12个月，单位应当在有效期内办理完成车辆登记手续。逾期未办理完成的，视为自动放弃更新指标
信息变更：如果单位名称发生变更，应先到车辆管理部门办理信息变更手续，再办理出售、报废手续
新能源车更新指标：单位持新能源小客车指标的，只能购置新能源小客车，该小客车在出售、报废后，只能申请新能源小客车更新指标
普通车更新指标：单位持有普通小客车指标的，可以购置新能源小客车，该小客车在出售或报废后，若要申请普通小客车更新指标，应在申请更新指标之前携带车辆相关材料到市公安交管局车辆管理总所办理相关确认手续
以上步骤提供了公司户车牌在车辆报废后更新指标的详细流程，确保单位能够依法合规地处理更新指标事宜。